Comprimari ed avversari
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Il miglior amico nonché assistente personale del Professor Mystère è Java, un autentico Uomo di Neanderthal ritrovato da Martin nella Città delle ombre diafane in Mongolia, dove sopravvive l'ultima tribù della sua specie. Dopo lunghe vicissitudini per ottenere la cittadinanza americana, Java vive oggi a New York nell'appartamento di Martin e Diana; non parla, o meglio si esprime a grugniti e tramite il linguaggio dei segni, ma il professor Mystère è in grado di comprenderlo perfettamente.
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Diana Lombard, assistente sociale, è la compagna di vita di Mystère. Dopo essere stata un'eterna fidanzata, i lettori della serie hanno appreso nel numero del ventennale della testata che i due si erano sposati qualche anno prima, in gran segreto.
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Sergej Orloff, un tempo amico e collega di Martin, è stato per anni la sua principale nemesi. Il suo aspetto era molto caratterizzato: a seguito di un incidente nella città delle ombre diafane, portava una maschera a coprire metà del suo viso, rimasta sfigurata; a compensare la perdita di un braccio (nello stesso incidente), gli fu innestato un arto meccanico che, in sostituzione della mano, terminava nell'arma a raggi. È in qualche modo ispirato alla figura dello scienziato pazzo cinematografico (vedi El siniestro Dr. Orloff). Ufficialmente rispettabile uomo d'affari, non ha esitato a commettere omicidi, anche personalmente. In "Xanadu", uno dei molti albi speciali della serie, si viene a sapere che Orloff aveva già da qualche tempo subìto con successo un intervento di plastica facciale, ma ne aveva perso il ricordo a causa dei negativi effetti dell'arma a raggi. Nello stesso albo perde l'arma a raggi. Ora è un personaggio più complesso ed enigmatico, sospeso tra bene e male, e più volte si è trovato a collaborare con Mystere, salvandogli perfino la vita.
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Gli Uomini in Nero, fortemente ispirati ai Men in Black della teoria del complotto degli UFO, sono una potentissima e temibile organizzazione segreta. Il compito degli Uomini in Nero è, da millenni, individuare e distruggere sistematicamente ogni traccia del remoto passato dell'umanità e dei contatti con civiltà extraterrestri, per evitare che la gente si ponga delle domande e l'ordine costituito possa risultarne sconvolto. Infiltrati ad ogni livello, dotati di immense risorse (che comprendono anche molte delle tecnologie e conoscenze fuori dell'ordinario che normalmente cercano di distruggere), queste personificazioni della teoria del complotto non esitano a commettere i peggiori crimini per perseguire i loro oscuri fini, arrivando ad eliminare i testimoni scomodi. Nel corso della serie si apprende che tale organizzazione nacque in tempi remotissimi, a seguito della guerra globale Atlantide-Mu e della conseguente scomparsa delle due civiltà. I vari gruppi che compongono gli Uomini in Nero sembrano essere cellule semi-indipendenti, ma le operazioni più importanti sono gestite da un misterioso "Direttivo". Gli Uomini in Nero sono ancora attivi nel futuro in cui è ambientato Nathan Never. Nell'arco della serie si sono evidenziate alcune fazioni di Uomini in Nero più legate alla loro ideologia originaria, che prevedeva la protezione dell'umanità da conoscenze o tecnologie che non è ancora pronta a padroneggiare (magia, poteri paranormali, tecnologia aliena o proveniente dall'antica Atlantide, ecc.) allo scopo di evitare una nuova catastrofe globale. Le due filosofie sono in lotta e Mystère, suo malgrado, si è trovato più volte coinvolto in situazioni pericolose causate dal conflitto interno all'organizzazione.
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Altro importante villain è il mefistofelico Mister Jinx, una sorta di scienziato pazzo che ciclicamente si impossessa di incredibili invenzioni altrui, con le quali realizza i sogni "impossibili" dei propri ricchi clienti (l'immortalità, l'eterna giovinezza, l'ubiquità ecc.). Come in tutti i patti con il diavolo, nei contratti stipulati con questo criminale si presentano sempre delle controindicazioni e Martin Mystère, spesso tirato in ballo dalle tante vendette di Jinx, è costretto ad intervenire.
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Grazie a Mister Jinx esiste un Martin Mystère robotico nel futuro di Nathan Never, periodo in cui anche lo stesso Jinx (trasferendo la propria mente di corpo in corpo) è giunto.
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Il commissario Travis della Polizia di New York a volte chiede l'aiuto del caro amico Martin per risolvere casi impossibili, a volte invece lo tira fuori dai guai in cui la ben nota curiosità ama cacciare il professore.
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Altri personaggi ricorrenti sono la bella e svampita spogliarellista (lei si definisce un'artista) Angie, i due loschi figuri Dee e Kelly (lontani discendenti dei negromanti John Dee e Edward Kelley) e Chris Tower, compagno di studi di Mystère, ex agente della CIA e oggi direttore della base ultra-segreta di Altrove, finanziata dal Governo degli Stati Uniti per studiare e contenere i fenomeni paranormali. Questo gruppo di personaggi compare, ormai da numerosi anni, nello speciale estivo, che ha assunto nel tempo i toni leggeri tipici della commedia.



















